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| Acadêmico(a): Edson José Savi Junior |
| Título: Alinhamento de Seqüências Biológicas em Ambiente Distribuído |
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| Conclusão: |
| Os objetivos propostos neste trabalho foram atingidos plenamente. Através do uso de bibliotecas de programação paralela foi possível adaptar uma ferramenta de alinhamento de seqüências biológicas open source para que realize o processamento em ambiente distribuído. A tarefa de alinhar seqüências é de grande importância na área da bioinformática. Através do alinhamento de seqüências é possível inferir sobre as propriedades de determinada molécula, baseando-se em propriedades conhecidas de outras. Esta é uma tarefa que necessita de computadores de alto desempenho. A possibilidade de criar uma máquina virtual paralela é de grande utilidade. Proporciona o uso de diversos computadores, antes ociosos, para realizar a tarefa de alinhar seqüências biológicas. As bibliotecas de programação paralela utilizadas demonstraram-se adequadas para que os objetivos propostos neste trabalho fossem alcançados. Em relação à biblioteca JOMP, verificou-se que o uso de diretivas para paralelizar algoritmos facilita a manutenção do código fonte. Esta biblioteca demonstrou-se eficiente, possibilitando um melhor aproveitamento dos recursos computacionais. Torna-se claro que seu uso pode se estender para ferramentas de outras áreas, como por exemplo, para ferramentas de geoprocessamento na qual necessitam de alto poder de processamento. A biblioteca JPVM demonstrou-se uma boa alternativa para a busca de alto desempenho. A performance obtida com seu uso foi satisfatória. Esta biblioteca se destaca pela portabilidade oferecida, na qual é possível utilizar computadores de diversas arquiteturas para formar a máquina virtual paralela. A medida que novas seqüências são descobertas, cresce a necessidade do desenvolvimento de ferramentas para bioinformática. Essas ferramentas possibilitam a realização de tarefas instigantes e complexas, gerando resultados potencialmente significativos. A ferramenta JAligner se destaca por realizar o alinhamento ótimo entre seqüências. A possibilidade de realizar o processamento em ambiente distribuído, criar filas de seqüências e armazenar os resultados obtidos de forma automatizada, facilita a manipulação de seqüências biológicas pelos pesquisadores desta área. |
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