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| Acadêmico(a): Felipe Fernandes Albrecht |
| Título: Reconstrução Filogenética em Ambiente Distribuído |
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| Resumo: |
| Este trabalho apresenta otimizações para um workflow de filogenias de proteínas homologas distantes e um algoritmo paralelo para inferência de árvores filogenéticas utilizando o método de Least Squares. O algoritmo possui heurísticas para minimizar o seutempo total de processamento e esta heurísticas podem ser utilizadas em outros algoritmos de inferência filogenética que utilizem o método Least Squares. Para validar o algoritmo, implementa-o utilizando o padrão Message Passing Interface (MPI) e executado-o. Assim, os seus tempos de execução são comparados com os de um software já existente. Os resultados, dependendo dos parâmetros utilizados, apresentaram redução de tempo do processamento, porém, as árvores inferidas não são ótimas. As otimizações no workflow, sendo uma delas, um agendador para múltiplas execuções num cluster, minimizaram o tempo total de execução. |
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